El Colegio del Bajío integra en 1994 un nuevo sistema formativo llamado: Educación Personalizada. Este sistema tiene como principal objetivo que los niños y jóvenes lleguen a reconocerse como personas con todas sus responsabilidades y capacidades, y que rodeados del medio ambiente adecuado logren alcanzar la iniciativa, responsabilidad, compromiso y valores trascendentales para ponerlos en acción en su comunidad.